Bermula pada bulan Juni tahun 1949 Bapak Paiso yang menyatakan telah mendirikan sebuah SMP Partikelir didaerah gerilya Desa Wonoharjo Asistenan Rowokele menemui Bapak D. Sutario yang menjadi Kepala SMP Gombong (penjelmaan dari Sekolah Rakyat Sempurna).

Selanjutnya, pada bulan Agustus 1949 berdirilah SMI (Sekolah Menengah Islam) Gombong dengan tempat meminjam di SMP Gombong (sekarang SMP Negeri 2 Gombong) dan dibuka sore hari.

Bermula dari murid yang berjumlah 16 orang pindahan dari Wonoharjo serta mendapat tambahan pendaftar baru 15 orang sampai dengan perkembangannya murid mencapai 135 orang sehingga sekolah berpindah dari SMP Gombong menyewa gedung Bapak Munandar bekas H.I.S. Met Den Quran dan sekolah masuk di pagi hari dan sore.

Pada Agustus 1951 komite pendiri SMI memberanikan dirinya menerima keputusan cabang menjadi Panitia Pembangunan Gedung Perguruan Muhammadiyah Gombong, yang selanjutnya melaksanakan perletakan batu pertama di tanah wakaf Bapak D. Sutario di Gg. Amin Gombong (sekarang Gang Mawar) seluas 37 ubin.

Dari sekolah yang hanya berstatus TERDAFTAR/ TERCATAT pada tahun 1955 dan DIAKUI pada tahun 1978 selanjutnya DISAMAKAN di tahun 1989 sampai dengan 1996 oleh pemerintah, maka di tahun 2005 SMP Muhammadiyah Gombong terakreditasi A sampai dengan saat ini.

Pada akhirnya pesan Bung Karno tentang Jasmerah, yakni jangan sekali-kali meninggalkan sejarah menjadi hal yang sangat relevan ketika SMP Muhammadiyah Gombong (terhitung tanggal 28 Januari 2013 berubah nama menjadi SMP Muhammadiyah 1 Gombong) maju dan berkembang.